Il est diplômé d’une maîtrise de Sciences économiques à l’Université de Bretagne-Occidentale. Il prenait auparavant la forme d’une plaque avec le logo de la compétition. Le club retourne dans la zone de relégation le 16 décembre après une défaite 2 buts à 1 contre le FC Istres lors de la 17e journée, puis plonge à la 20e et dernière place le 14 janvier 2012 à la mi-saison à la suite d’une nouvelle défaite, cette fois-ci contre Clermont Foot. Les Normands pensent avoir fait le plus dur en battant Dijon le 28 avril (1-0) grâce à un but splendide de Fayçal Fajr, mais lors de la 38e et dernière journée, la course au maintien bascule. Distance entre le spectateur le plus éloigné, en tribune Jules-Verne, maillot flamengo rose foot et la ligne de touche : 50 mètres. En effet, Kondogbia avait été aligné, pour la première fois depuis plus d’un mois, sur le banc lors des débuts d’Emery. À l’aller, le match s’avère être très brutal, marqué notamment par une expulsion côté madrilène (Diego Godín, 55e) et deux côté sévillan (Emir Spahić, 48e et Fernando Navarro, 85e) pour une défaite 2-1, les trois buts ayant été marqués sur pénalty.

Il joue son premier match avec Sunderland en rentrant en jeu à la 80e minute lors du troisième tour de la FA Cup contre Carlisle, le match se finit sur le score de 3-1 pour Sunderland, et 10 minutes après son entrée en jeu il marque son premier but avec Sunderland. Il garde son numéro 22 comme à Sunderland. À l’issue de la saison 2012-2013, il décide de quitter Le Havre pour l’Angleterre et sa Premier League en s’engageant avec Sunderland. Il récidive trois jours après en League Cup contre Dagenham & Redbridge en donnant une nouvelle passe décisive. Pour sa première apparition en championnat, il fait bonne impression en distillant une passe décisive pour son coéquipier Tony Watt pour une victoire 2-0 à domicile. En Coupe de France, le RC Strasbourg est éliminé au stade des trente-deuxième de finale par le SC Nîmes, club contre lequel il perd par trois buts à deux, maillot de foot palestine noir dans une rencontre disputée à Mulhouse. Ce groupe de « quadra » d’une douzaine de membres, regroupe des supporters parfois cartés dans d’autres groupes (DVE, YDDs et DDNs). Le stade accueille trois rencontres de la phase de groupes (groupes A, B et D), ainsi qu’un 1/8 de finale opposant le premier du groupe D (la Croatie) au troisième du groupe F (le Portugal, futur vainqueur de l’épreuve).

Les deux deuxièmes des groupes se disputent la montée, et c’est le Paris-Saint-Germain FC qui remporte ce barrage face à l’US Valenciennes-Anzin, et prend la troisième place d’accès à la D1. Le maillot rouge devient la troisième tenue du club. Jean-Louis Garcia, son troisième entraîneur en huit mois, lui fait confiance et en fait son titulaire au milieu de terrain. En Coupe de la Ligue, Kondogbia et les siens se font sortir en huitièmes par l’Olympique de Marseille, 4-0, après avoir battu Tours puis Evian, pensionnaire de Ligue 1, sur le même score 1-0. Malgré tout, c’est en Coupe de France que le milieu de terrain connaît sa plus grosse déception en se faisant éliminer dès le 7e tour par la petite équipe de l’Entente SSG. Comme la saison précédente, le milieu sévillan aura disputé 37 matchs pour un but pour sa seule saison au FC Séville, soit le même total que sa dernière saison au RC Lens.

Au total, il aura joué 40 fois pour le FC Séville, ne marquant qu’à une seule reprise. Il fait ses débuts professionnels le 24 février 2012 contre l’En avant Guingamp dans un match comptant pour la 25e journée de Ligue 2. Il rentre à la 83e minute à la place de Ryan Mendes et le match se solde par une victoire du Havre 3-1. Après le limogeage de Cédric Daury, Christophe Revault, nommé entraîneur intérimaire, fait appel à El-Hadji contre Sedan le 23 novembre 2012. La semaine d’après, le 30 novembre 2012, il marque son premier but en professionnel à la 91e minute du match contre Tours, le match se termine sur le score de 3-0 pour les Havrais. Il inscrit son seul but sous la tunique lensoise lors de la 32e journée et une large victoire 3-0 à Tours. Les prémices de la Seconde Guerre mondiale viennent perturber cette saison, d’abord parce que de nombreux matches prévus au mois d’octobre étant reportés à la suite du départ de nombreux footballeurs vers les casernes après un ordre de mobilisation partiel, ensuite parce que deux clubs sont dans l’incapacité de terminer le championnat : l’US Tourcoing (forfait général après la 32e journée) et le FC Dieppe (après la 43e journée).