Mais le 26 mai 1993, Papin dispute et perd (remplaçant, rentré au début de la seconde mi-temps) une nouvelle finale de Ligue des champions, cette fois contre son ancien club, l’Olympique de Marseille. Il dispute trente-deux matchs toutes compétitions confondues lors de son unique saison sous le maillot du club turc. Il dispute alors l’intégralité d’un match amical contre la Norvège le 11 août 2010, ce qui constitue sa seule sélection en sélection nationale. Une page se tournera à l’été 2011, avec le départ de Claude Puel (en tension avec le président Aulas) et de plusieurs joueurs ayant participé à l’aventure de 2010, tels que Jérémy Toulalan, Miralem Pjanic et Chelito Delgado. Le 4 novembre 1981, le stade est le théâtre d’un match entre l’équipe de Nouvelle-Zélande de rugby à XV et une sélection alpine avec 6 joueurs du FC Grenoble. Il joue son premier match en Ligue 1 le 13 septembre 2009 lors de la défaite 1-0 à l’extérieur face au Stade rennais football club, mais ne tarde pas à se distinguer avec son nouveau club.

L’AS Saint-Étienne commence son année 2013 par une victoire sur la pelouse du Stade Malherbe Caen, club de Ligue 2 (2-3) en 32e de finale de la Coupe de France. Le 9 décembre 2009, lors du match de Ligue des champions face au club hongrois de Debrecen VSC, Aly Cissokho inscrit son tout premier but sous les couleurs lyonnaises d’une frappe du pied gauche (victoire 4-0). Contre le Paris Saint-Germain, et après 41 matchs en Ligue 1, le 28 novembre 2010, il marque son premier but en championnat. Formé à Gueugnon, il débute sous la houlette de Victor Zvunka et joue un match lors de la saison 2006-2007 de Ligue 2. La saison suivante, toujours en Ligue 2, il joue 21 rencontres, dont 14 comme titulaire. Le 25 juillet 2009, il joue son premier match avec l’Olympique lyonnais en Coupe de la Paix face au Beşiktaş JK (match nul 1-1). Deux jours plus tard, il joue face à son ancien club, le FC Porto (défaite de l’OL 2-0, doublé de Hulk). L’Olympique lyonnais est éliminé de la Coupe de la Paix après cette défaite face aux Portugais. Six mois seulement après son arrivée au Portugal, il est transféré au mercato hivernal vers le prestigieux club du FC Porto pour une somme de 300 000 euros (60 % des droits du joueur), et connaît alors la Ligue des champions puisqu’il est titularisé lors des rencontres victorieuses en huitièmes de finale face à l’Atlético Madrid.

Le club grec ne lève pas cette option d’achat et Cissokho retourne à Aston Villa après avoir pris part à dix rencontres. Le tirage au sort lui offre des rencontres en huitième de finale contre l’AS Rome. Comme Lille, Montpellier a été exempté de seizième de finale. Grâce à un score de 1-7, les Lyonnais reprennent contre toute attente la seconde place de leur groupe à la différence de buts et accèdent aux huitièmes de finale pour la neuvième année consécutive. Après la mi-temps, c’est sur un centre de Yióryos Tzavéllas qu’Ibrahima Touré trompe Khedairia d’une tête piquée et permet aux Rouge et Blanc d’ouvrir le score signant ainsi son sixième but en neuf matches. C’est alors que les joueurs parisiens décident de se montrer, et Ángel Di María profite d’une erreur de la défense adverse pour marquer dans le but vide quatre minutes après cette expulsion. Malgré un premier but dès la première journée, il ne marque au total que 5 buts en 30 matchs.

« Qu’on soit entraîneur professionnel ou joueur de Ligue 1, on fait ce métier pour vivre des matchs comme ceux-là, avec de l’enjeu, un stade plein et de l’adversité. Il ne fait qu’une douzaine d’apparitions lors de sa première saison dans la franchise californienne car il subit plusieurs blessures qui l’éloignent des terrains durant la plupart de l’année. En huit saisons avec les Rossoneri, son bilan est impressionnant : un « scudetto », deux Ligues des champions, deux Supercoupes d’Europe, un Mondial des Clubs, une Supercoupe d’Italie et une coupe d’Italie qui en fait l’un des entraineurs les plus titrés du club lombard. À la suite de la grève des joueurs français lors de la Coupe du monde et de la suspension de nombreux joueurs, il est une nouvelle fois convoqué, cette fois-ci par le nouveau sélectionneur Laurent Blanc. Le 5 novembre 2009, maillot de foot raye vert et blanc il est convoqué pour la première fois par Raymond Domenech en remplacement de Gaël Clichy pour les matchs de barrages de la Coupe du monde 2010 face à l’Irlande.